Por poderse hacer, se puede, pero hay que re-mapear los archivos de teclado del 'core' del RW3 para poner el teclado como está el MSTS. Es una tarea un tanto complicada, además hay muchas locomotoras y trenes que usan sus propios mapeos de teclado, por lo que el trabajo puede complicarse bastante.
Yo tengo un 'GamePad' configurable para teclado. A cada acción de las palancas y los botones, se pulsan las teclas que se desea. Con programar previamente la configuración de RW3, MSTS o TS12 y seleccionarla antes de usar el simulador, uso los mismos controles del 'GamePad' para el regulador, los frenos y el inversor, además de otras opciones útiles comunes, sin tener que recordar cual es la tecla de cada acción en cada simulador. El programilla en cuestión, del cual hable por aquí hace unos meses, se llama 'JoytoKey' y lo puedes encontrar en la web
http://www-en.jtksoft.net/. Es shareware, pero sin limitación de uso. Tiene una gran capacidad de configuración.