Por poder, puedes. Pero pierdes las actividades, los servicios y los recorridos. De las seis rutas originales NO toques nada.
Los paths no estorban, es más, en algunas rutas he creado nuevos paths a mi gusto.
Lo más aconsejable es que te hagas una copia de dichas carpetas y así sí en un futuro quieres volver a tener esos archivos, pues ya sabes: copiar y pegar.