¡Hóla!:
Ante todo, ¡bienvenido a este magnífico lugar de encuentro de aficcionados al tren y a la simulación ferroviaria, que es TRENSIM!.
En cuanto a tus dudas:
Entiendo que la versión de MSTS que tienes, es la segunda, que actualiza a la primera, y que es necesaria para poder instalar los distintos parches NO Oficiales disponibles (sobre los que encontrarás sobrada información en el foro de Trensim), y para poder disfrutar las numerosas mejoras que ofrecen las últimas novedades en material motor.
Los Y-Tracks, áunque menos utilizados que los X-Tracks, son necesarios para la instalación de algunas Rutas; se instalan igual que los X-Tracks, en la carpeta ... Microsoft Games/Train Simulator. Los tienes, por ejemplo, aquí
http://www.activitysimulatorworld.net/Les_utilitaires/Ytracks.htm, y también podrás encontrar mucha información sobre el tema en el foro, utilizando el Buscador.
Respecto a lo del formato de ese tutorial, no te puedo ayudar.
Para instalar una Actividad, tienes que arrastrar el archivo .apk (que es el que contiene todos los archivos necesarios de la Actividad), sobre el Tsunpack que está en la carpeta ...Train Simulator/UTILS.
Antes, deberás leer bien los documentos que suelen incluir las Actividades, en los que encontrarás instrucciones y el material necesario para disfrutar esa Actividad, que debes descargarte antes para evitar que te comiencen a salir errores por falta de material.
¡Saludos desde La Rioja!. Julio.